重点实验室学术委员会
其职责是：负责实验室研究领域、学科方向布局；项目立项及成果评价；学术交流等。
实验室学术委员会产生办法：由校外著名专家和校内专家组成。校外专家由重点实验室在相互合作单位以及全国范围内聘请，校内专家由东莞理工学院主要学术骨干产生，产生实验室学术委员会主任1名，副主任2名。
重点实验室管理委员会
其职责是：全面负责实验室建设阶段的规划、布局、审核、实施；实验室建成后的日常管理与监督；科研、成果转化、产业化各独立核算单元的财务管理；成果、宣传与汇报。
重点实验室管理委员会产生办法：由东莞理工学院主要学术骨干和行政管理骨干产生，产生实验室主任1名，副主任2名。
基本管理单元—课题组研究团队
各课题组团队有明确的研究方向，各课题负责人需及时掌握实验室研究方向在国内外的最新技术进展，同时在实验室主任的领导下负责研究团队的管理及科研工作。
实验室对人员实行相对固定的骨干岗位和流动岗位相结合，专职与兼职相结合的用人机制；建立与实际贡献直接挂钩的绩效工资制度和考核制度，实行按岗定酬、按任务定酬、按业绩定酬的分配制度，以实现目标管理、高酬严考、滚动发展。